هاشمی رفسنجانی  پيش از آغاز خطبه‌ها به نمازگزاراني كه در دانشگاه تهران، اطراف دانشگاه و خيابان‌ها حضور دارشتند، تذكر داد:مراقب باشيد جايگاه و قداست نماز جمعه با اظهارات و شعارهايي كه جنبه‌ عمومي و اصولي ندارد آلوده نشود.
وي با اشاره به در پيش داشتن سالگرد اقامه‌ اولين نمازجمعه در تهران پس از انقلاب اسلامي نيز اظهار كرد: اين نمازجمعه بي‌شباهت به نمازجمعه‌ هفته‌هاي اول انقلاب به امامت آيت‌الله طالقاني نيست كه جمع زيادي از مردم با همه سليقه‌ها در آن شركت مي‌كردند.
مهندسی سخنان خودرا این گونه اعلام کرد: بخش اول توضيحی بر معيارها و اصول اسلامي . در بخش دوم به اهداف اصيل انقلاب خواهم پرداخت كه مردم براي آن جهاد كردند؛ . من بخشي از اهداف انقلاب را براي نسل امروز مي‌گويم كه بدانند ما با چه نيتي انقلاب را آغاز كرديم.
 در بخش سوم هم به مسائل روز و شرايطي كه در آن قرار داريم مي‌پردازيم و راه علاجي را براي شرايط امروز مي‌گويم كه البته اين نظر خودم خواهد بود
 رئيس مجلس خبرگان به دو نكته در تشكيل حكومت اسلامي تاكيد كرد و افزود: نخستين نكته «خداوند» و ديگري «مردم» است.
حكومت پيامبر با ايجاد الفت و نه زور
وي با تاكيد بر اينكه سر و كار پيامبر در تشكيل حكومت اسلامي با زور و قدرت نبود، 
 هاشمي رفسنجاني با اشاره به آياتي از كلام‌الله مجيد كه اخطار مي‌كند انسان‌ها با احساس بي‌نيازي، اهل طغيان مي‌شوند، خاطر نشان كرد: خداوند اخطار مي‌كند كه انسان‌ها بايد در مقابل خود داوري عادلانه خدا را ببينند كه در زمين و آسمان در مقابل آنها قرار خواهد گرفت.

خطيب نماز جمعه تهران در ميان خطبه هاي نماز جمعه چندبار از نمازگزاران و حاضران در نماز جمعه تهران خواهش كرد تا شعار ندهند.

آيت‌الله هاشمي رفسنجاني در خطبه‌هاي نماز جمعه از دولت چين خواست تا در حفظ امنيت مردم بكوشد و در مقابل كشتار مسلمانان حساسيت داشته باشد.
در اين زمان حاضران در نماز جمعه شعار "مرگ بر چين" سر دادند كه آيت‌الله هاشمي چنين واكنش نشان داد: خواهش مي‌كنم شعار ندهيد. من به عنوان خطيب نماز جمعه امروز از شما خواهش مي‌كنم به خاطر فضايي كه در خيابان‌هاي اطراف نماز جمعه شكل گرفته است، شعار ندهيد تا فضا بر هم نريزد.
هاشمي رفسنجاني در بخش ديگري از خطبه‌ دوم نماز جمعه به انتخابات رياست جمهوري اشاره كرد و با بيان اينكه انتخابات را خيلي خوب شروع كرديم و رقابت خوبي شكل گرفت و مقدمات هم به نحو مناسبي انجام شد، گفت: رقابتي كه چهار نفر از افرادي كه از نظر شوراي نگهبان صالح تشخيص داده شده بودند خوب انجام شد و مردم به آزادي در انتخابات اميدوار شدند. وي ادامه داد: اي كاش همان شرايط ادامه پيدا مي‌كرد و مي‌توانستيم سربلندترين شرايط را در دنيا داشته باشيم ولي متاسفانه آنگونه كه مي‌خواستيم نشد.
رئيس مجلس خبرگان رهبري در ادامه به اهداف انقلاب اسلامي اشاره كرد و گفت: حرف‌هايي كه امروز مي‌شنويد از زبان كسي است كه از پيش از شروع انقلاب لحظه‌به‌لحظه همراه انقلاب و امام بود و مي‌دانم كه امام چه مي‌خواست امام در مبارزات خود بارها تاكيد مي‌كردند كه مردم اصل هستند. 
هاشمي‌رفسنجاني با اشاره به سال‌هاي منتهي به پيروزي انقلاب گفت: در آن موقع همه خيابان‌ها پر از ازدحام مردمي بود كه همراه امام بودند و توانستند كمر دولت بسيار مغرور، رژيم پهلوي كه از شرق و غرب كمك مي‌گرفت و به خاطر گران شدن نفت انبارش پر بود شكستند و مردم آن ابهت را از آنها گرفتند.
وي در ادامه  گفت: بعد از انقلاب هم امام معتقد بودند اگر مردم مد نظر قرار نگيرند آن حكومت انجام نمي‌شود.
هاشمي با ذكر روايتي كه امام (ره) از كتاب منتسب به «سيدبن‌طاووس» در خصوص راي و نظر مردم در حكومت نقل كرد، اشاره كرد و گفت: در آن كتاب از قول علي‌بن‌ابي‌طالب داريم كه اين ولايت متعلق به مردم است و تاكيد شده است كه اگر مردم شما را قبول كردند كه متولي امر شويد آن زمان مسؤوليت را بپذيريد و به ولايت خود ادامه دهيد.
 معتقدم از لحاظ قانون اساسي همه چيز در كشور ما وابسته به راي مردم است. از رهبري گرفته كه با راي مردم به نمايندگان مجلس خبرگان انجام مي‌پذيرد تا انتخاب رئيس‌جمهور، نمايندگان مجلس، شوراها و افرادي كه بعد از اينها سمت مي‌گيرند، همگي با اتكا به راي مردم است.
هاشمی  تاكيد كرد: جمهوري اسلامي يك لفظ تشريفاتي نيست (اين سخنان، شعار مردم در حمايت از هاشمي را به همراه داشت)
 جمهوري اسلامي يك واقعيت است كه از ريشه در انديشه پيغمبر دارد و اين دو جمهوريت و اسلاميت هميشه بايد با هم باشند و اگر به يكي از اين دو آسيب برسد ما ديگر انقلاب را نخواهيم داشت.
 اگر اسلامي نباشد به بيراهه خواهيم رفت و اگر جمهوري نباشد حكومت به اهداف خود نمي‌رسد.
وي با تاكيد دوباره به راي و نظر مردم در ساختار حكومت با ذكر مثالي از بيعت مردم با حضرت علي گفت: اهميت راي و نظر مردم زماني بيشتر براي ما عينيت دارد كه حضرت علي 19 سال خانه‌نشين بود و وقتي مردم به در خانه او آمدند و آن تراكم جمعيتي به وجود آمد، ايشان پذيرفتند كه عهده‌دار حكومت شوند.

رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام در ادامه با انتقاد از فضای پس از انتخابات گفت: ما انتخابات را بسیار خوب آغاز کردیم، اما متاسفانه در روزهای پایانی تردیدهای نارحت کننده در میان مردم بوجود آمد که ضربات سنگینی بر انقلاب و نظام وارد کرد.
 
امروز باید اعتماد را برگردانیم و صداوسیما باید راه مناظرات و مذاکرات را بازکند.

مساله مهم برگرداندن اعتماد مردم است كه تاحدودي مغشوش شده است، و بازگشت آرامش و اعتماد سیری طولانی را لازم است،
 همه ما چه حكومت چه نيروهاي امنيتي وچه مردم به قانون پايبند باشند.

بايد فضايي بوجود بيايد كه همه بتوانند حرفشان رابزنند بخصوص در صدا وسيما ،
متاسفانه از 5 روز مهلتی از سوی رهبر انقلاب برای شورای نگهبان تعیین کردند خوب استفاده  
لازم نيست در اين شرايط ما افرادي را دزندان داشته باشيم
 نگذاريد بخاطر زنداني بودن يك عده دشمنان به ما بخندند.
به آسيب ديدگان اين حوادث  عزاداران دلجويي شود و همدردي شود.

با سعه صدر برخورد شود رسانه هايی را که توانسته از مجاری قانونی مجوز گرفته و فعالیت کنند را محدود نكنيم
 اجازه دهيم فضاي آرام انتقادي و تاييدي بوجود بياييد.
مراجع ما هميشه كه هميشه پشتيبان نظام بودند چرا بايد برنجند.